Фамилия Ипанатов — редкий случай, когда на первый взгляд очевидная основа оборачивается лингвистической загадкой. Самое простое и напрашивающееся объяснение — связь с именем Ипат (разговорная форма от Ипатий). Однако суффикс -анов в фамилиях на -ов обычно указывает на основу, оканчивающуюся на -а: Ипанатов значит «сын Ипаната». А вот имени или прозвища Ипанат в русском именослове не зафиксировано.

Здесь возможны две версии. Первая: фамилия образована от прозвища Ипанат, которое могло возникнуть в среде старообрядцев или в южнорусских говорах. Вторая, более правдоподобная: перед нами результат народной этимологии или диалектного произношения. В русских говорах нередко «наращивали» слог: Ипат превращался в Ипанат (по аналогии с тем, как Васятка становилось Васанат). Тогда Ипанатов — это «искажённый» вариант отчества от Ипат, но закрепившийся именно в такой форме.

Модель образования — типичная патронимическая фамилия на -ов, указывающая на прямого предка по мужской линии. Суффикс -атов встречается реже, чем -ов или -ин, что делает фамилию заметной даже в ряду однокоренных: Ипатов, Ипатьев, Ипашин. Географически Ипанатовы встречаются в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской, что косвенно подтверждает южнорусскую диалектную природу формы.

В словарях и ономастических справочниках фамилия не описана подробно. По данным переписей и архивов, носители её немногочисленны, что говорит о локальном происхождении: вероятно, прозвище или форма имени закрепились в одном-двух селениях и оттуда распространились с переселенцами. Кем были предки — скорее всего, крестьяне или однодворцы, поскольку фамилии с диалектными искажениями редко встречаются в дворянских родословных.

Таким образом, Ипанатов — не просто вариант Ипатова, а самостоятельная фамилия с собственной историей, в которой народная речь перекроила церковное имя по своим законам.