Фамилия Ипилов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов, -ев или -ин, который обычно указывает на отчество или принадлежность. Формант -лов здесь — это не что иное, как усечённый вариант суффикса -ов, присоединённый к основе, оканчивающейся на -л. То есть фамилия образована по модели «основа на -л + -ов», где конечный звук основы слился с суффиксом, и получилось -лов. Такая модель встречается, например, в фамилиях Соколов (от Сокол) или Козлов (от Козёл), но в случае Ипилов корень совсем неочевиден.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени Ипил. Это может быть диалектное или искажённое имя, восходящее к греческому имени Филипп (греч. Φίλιππος — «любящий коней»). В русских говорах имя Филипп нередко сокращали и переиначивали: Филип → Филя → Пиля, а в некоторых местностях начальное ф- могло заменяться на и- или выпадать, давая формы вроде Ипил или Ипиля. Тогда Ипилов — это «сын Ипила», то есть потомок человека, которого звали Ипил (домашняя форма от Филиппа). Подобные переходы известны в ономастике: фамилии Ипин, Ипинцев, Ипишев имеют ту же основу.

Менее вероятно, но возможно, что корень ипил- связан с тюркскими языками, где есть слово «ипил» (диалектное «ипил» — «петля, силок»). В этом случае прозвище Ипил могли дать охотнику, ставившему силки, или человеку, чем-то напоминавшему петлю (например, изворотливому). Однако тюркские фамилии на -лов в русском языке редки, и для такой версии нет надёжных подтверждений.

Фамилия Ипилов не относится к числу дворянских или старых боярских — её нет в родословных книгах. Скорее всего, это поздняя крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся в XIX веке. Встречается она преимущественно на юге России, в Ростовской области и Краснодарском крае, а также среди донских казаков, что косвенно поддерживает версию о народной переделке имени Филипп: казачьи говоры часто упрощали греческие имена.