Фамилия Ипонешников — один из тех редких случаев, когда географическая привязка оказывается важнее морфологического разбора. Основной массив носителей этой фамилии исторически сосредоточен на Русском Севере, в частности в бывшей Вологодской губернии и прилегающих территориях. Это сразу подсказывает, что мы имеем дело не с привозной или искусственной фамилией, а с местной, образованной от прозвища, бытовавшего в северных говорах.

Корень фамилии — «ипонешн-» — на первый взгляд кажется тёмным, но он раскладывается достаточно прозрачно. В основе лежит диалектное слово «ипон» или «ипать», связанное с глаголом «ипать» — в северных говорах это означало «хватать», «брать», а также «торопиться», «суетиться». Суффикс «-ешн-» — характерный для русских фамилий, образованных от прилагательных (сравните: «ранешний» — «ранешников», «тамошний» — «тамошников»). То есть прозвище «Ипонешний» давали человеку суетливому, хватающемуся за всё подряд, или, наоборот, тому, кто работал быстро, хватко.

Модель образования — от прозвища на «-ешний» к фамилии на «-ов» — типична для северных и сибирских фамилий, где часто фиксировали не имя, а качественную характеристику человека. В отличие от фамилий на «-ин» (от матронимов или прозвищ на -а/-я), суффикс «-ов» здесь указывает на принадлежность: «сын Ипонешнего». Важно, что фамилия не получила широкого распространения за пределами Вологодчины и соседних уездов, что говорит о её локальном, деревенском происхождении.

Встречается также вариант написания «Ипонешников» с двойным «н», что не меняет сути, но иногда указывает на позднее осмысление корня как «Ипонеш-н-иков» (с наращением суффикса). Сравните с фамилиями «Тамошников», «Ранешников» — все они построены по одному принципу и фиксируют прозвище по характерному поведению или времени действия. Таким образом, предок носителя фамилии Ипонешников, скорее всего, был крестьянином или ремесленником из северной деревни, которого окружающие запомнили как торопливого, хваткого или суетливого человека.