Фамилия Исабоев — редкий пример, где сталкиваются два разных языковых мира. Вопреки ожиданию, её корни не в славянских именах, а в арабо-персидской и тюркской традициях. Основа фамилии — мужское имя Исабай. Оно составное: «Иса» (арабская форма имени Иисус, в исламе — пророк) и «бай» (тюркское «господин», «богач», «хозяин»). Таким образом, Исабай — это «господин, отмеченный пророком Исой» или «богатый человек, носящий имя Иса». Русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) добавился уже при оформлении фамилии в документах, превратив «сын Исабая» в Исабоев.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешались исламские и тюркские влияния: это Узбекистан, Таджикистан, частично Казахстан и Кыргызстан. В России она встречается редко, в основном у потомков выходцев из Средней Азии, которые получили паспорта с русифицированной фамилией. Интересно, что написание через «о» — Исабоев, а не Исабаев — может указывать на местный говор: в некоторых тюркских диалектах гласный второго слога редуцируется или произносится как нечто среднее между «а» и «о», что и закрепилось в документах.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии — потомки скорее зажиточных крестьян или мелких торговцев, а не аристократии, так как «бай» в составе имени не всегда означало реальное богатство, а часто было просто уважительным компонентом. Сословной принадлежности в русском понимании (дворянство, купечество) у Исабоевых не было — фамилия оформилась в поздний период, когда крестьяне и городские низы получали фамилии по отцу.

В русском языке фамилия склоняется как обычное притяжательное прилагательное: Исабоев, Исабоева, Исабоеву. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Исабо́ев, хотя в среде носителей может смещаться на второй: Иса́боев. Это ещё одно подтверждение её «пограничного» происхождения: тюркское ударение борется с русской инерцией.