Фамилия Исаеня — редкий случай, когда мы почти наверняка знаем, в какой части страны она зародилась. Её выдает суффикс -еня. Такая модель образования фамилий (от имени или прозвища с помощью суффикса -еня) характерна для западнорусских и, в первую очередь, для белорусских земель. В Польше и в западных областях Беларуси этот суффикс встречается особенно часто, образуя фамилии вроде Аксеня, Коваленя, Савеня. Исаеня стоит в том же ряду.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Исай (Исаия), которое восходит к древнееврейскому «Йешаягу» — «спасение Господне». В русских святцах это имя было известно благодаря ветхозаветному пророку Исайе. От разговорной формы Исай (или Исайка) и появилось прозвище или полуотчество Исаеня: так в семье могли называть сына Исая — буквально «Исаев сын» или просто «маленький Исай».

Суффикс -еня в таких фамилиях часто имел оттенок ласкательности или принадлежности к младшему поколению. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали имя отца в родительном падеже («чей сын?»), форма на -еня могла закрепиться за человеком как личное прозвище, а позже перейти к его детям уже как наследственная фамилия. Поэтому предок носителя фамилии Исаеня — это, скорее всего, не сам Исай, а его сын или внук, которого в деревне знали как «Исаеню».

Географически фамилия тяготеет к Гродненской, Минской и Брестской областям, а также встречается в приграничных районах России и Украины. В центральных и северных русских губерниях такая форма была бы нехарактерна: там от имени Исай образовали бы фамилию Исаев. Исаеня — это маркер западного славянского ареала, и если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, их корни — в белорусском Полесье или на востоке современной Польши.