Фамилия Исаеев — один из тех редких случаев, когда написание подсказывает неверную этимологию. На первый взгляд кажется, что перед нами стандартная патронимическая фамилия на -еев от имени Исай (библейское Исайя, отец царя Давида). Но если присмотреться, в фамилии Исаеев три «е» подряд, что для русского языка нетипично. На самом деле, это не ошибка и не двойной суффикс, а фамилия, образованная от полной формы имени Исай с помощью суффикса -ев, но с сохранением беглой гласной в основе. То есть исходное имя — Исай, в родительном падеже «Исая», отсюда «Исаев» — самая распространенная форма. Однако в некоторых говорах и в старых документах имя фиксировалось как Исаей, где конечный -ей давал притяжательное прилагательное Исаеев — буквально «сын Исаея». Таким образом, Исаеев — это не вариант фамилии Исаев, а самостоятельная форма, закрепившаяся в письменных источниках из-за местного произношения или особенностей записи в метрических книгах.

С точки зрения географии, фамилия Исаеев встречается значительно реже, чем Исаев или Исайчев. Её можно найти в старых переписях населения центральных губерний России, особенно в Рязанской и Тамбовской областях, где диалектное произношение имен с двойным «е» было устойчивым. В XIX веке носители такой фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, и их фамилия фиксировалась приходскими священниками «на слух», без строгой орфографической нормы. Поэтому в одной и той же семье могли писать то Исаев, то Исаеев, то Исаиев — все это отражение живого произношения.

Словообразовательная модель здесь проста, но неочевидна: суффикс -ев присоединяется к имени с конечным -ей, а не к основе на -ай. Сравните: Алексей → Алексеев, а не Алексеев (хотя и такое встречается). Исаей → Исаеев — по той же логике. Если бы имя было только Исай, мы бы получили Исаев. Таким образом, Исаеев — это реликтовая форма, сохранившая более архаичную или диалектную версию имени.

Для носителя фамилии Исаеев это хорошая зацепка: скорее всего, его предки жили в регионе, где имя Исай произносили как Исаей, или же фамилия была записана в эпоху, когда единой орфографии не существовало. Спорных версий здесь нет: все ономасты сходятся на том, что это патроним от канонического имени Исайя, но с особенностью в оформлении. Если вы встретили эту фамилию в документах дореволюционного периода, не удивляйтесь, что в соседних записях тот же человек мог значиться как Исаев — это одна и та же родовая линия, просто с разной записью.