Фамилия Исаечкин — редкий пример двойного уменьшительного суффикса в русской антропонимии. Она образована от имени Исай или Исаия (древнееврейское «Йешаягу» — «спасение Господне»). В народной речи это имя давало целый ряд производных: Исайка, Исаечка, Исайчик. Фамилия Исаечкин закрепилась именно за формой «Исаечка»: суффикс -к- здесь уменьшительно-ласкательный (как в «Ванька» — «Ванечка»), а добавочный -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Исаечкин, то есть сын, потомок Исаечки.

Такая модель — редкое явление. Обычно фамилии образуются от полного имени или от одной уменьшительной формы (Исаев, Исайкин). Двойной суффикс (сначала -к-, потом -ин) встречается в основном в северных и центральных губерниях России, где любили многоступенчатые ласкательные варианты. Если Исаевых по стране тысячи, то Исаечкиных — единицы. По переписям XIX века такая фамилия чаще всего фиксировалась в Вологодской и Костромской губерниях, где имя Исай было особенно распространено среди крестьян и мещан.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия недвусмысленно указывает на имя предка. Спорных версий здесь нет: корень восходит к библейскому имени, а суффиксы не оставляют сомнений в том, что прозвищем служила именно уменьшительная форма. В отличие от фамилий на -их/-ых (типа Исаичевских), Исаечкин — типично «сыновий» вариант, характерный для восточнославянской традиции.

В современных базах данных фамилия остаётся редкой. Носители Исаечкины, скорее всего, происходят из одного корня — из северных или центральных областей России, где в XVIII–XIX веках имя Исай было обычным среди простого люда. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от имени, которое давали при крещении, но в быту заменяли ласковым вариантом.