Фамилия Исаев образована от имени, но у этого имени несколько разных корней. Самый очевидный и распространённый путь — от мужского имени Исай, которое в русской традиции стало разговорной формой библейского имени Исайя. В переводе с древнееврейского Исайя означает «спасение Господне». В IX веке до нашей эры жил пророк, ревностный поборник религии Яхве и обличитель идолопоклонства, автор 1–33 и 36–39 глав книги Ветхого Завета, носящей это имя.

По другой версии, имя Исай — это вариант другого крестильного имени, Исаакий, которое переводится с древнееврейского как «смеющийся». Обе версии ведут к тому, что потомок человека по имени Исай получал фамилию Исаев. Суффикс -ев здесь стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «чей?» — Исаев, то есть сын Исая.

Однако библейское происхождение — не единственное. Фамилия Исаев может иметь и эрзянские корни. Имя Исай было распространено у эрзян, и сохранился документ от 1796 года, где упоминается Филипп Исаев, который ходил в Петербург с жалобой на действия властей. Это показывает, что носители фамилии жили не только в центральной России, но и в Поволжье, в среде финно-угорских народов.

Кроме того, нельзя исключать тюркский след. Исай — один из диалектальных вариантов тюркского мужского имени Исанбай. Оно состоит из двух основ: «Исан» означает «живой, здоровый, благополучный», а «бай» переводится как «хозяин, богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Эта версия объясняет, почему фамилия встречается у народов, говорящих на тюркских языках, и не связана напрямую с библейскими пророками.

Что касается дворянских родов, то известно два. Один из них происходит от Якова Антоновича Исаева, который за службу в войну с Турцией был пожалован вотчиной в 1679 году. Его потомство внесено в VI и II части родословной книги Санкт-Петербургской и Нижегородской губерний. Родоначальником другого рода был Илья Иванович Исаев, сын московского купца, вице-президент магистрата, при Петре Великом служивший обер-инспектором рижской таможни (умер около 1742 года). Среди известных носителей — Иван Исаевич Исаев, русский писатель-переводчик конца XVIII века; Николай Васильевич Исаев (1911–1988), советский лётчик-истребитель, генерал-майор авиации, Герой Советского Союза; Алексей Михайлович Исаев (1908–1971), советский конструктор. Так что за одной фамилией стоят разные истории — от библейского пророка до тюркского «благополучного господина».