Фамилия Исаёнок образована от уменьшительной формы канонического имени Исайя. Это имя имеет древнееврейское происхождение и переводится как «спасение Господне». В Библии Исайя — один из великих пророков Ветхого Завета, живший в IX веке до нашей эры. Он был ревностным поборником религии Яхве и обличителем идолопоклонства, а его проповеди легли в основу книги, носящей его имя. Исайя развивал идею о том, что будущее народа зависит от способности воплотить в жизнь справедливость и правосудие: нравственность, по его учению, угоднее Богу, чем формальное отправление культа и обильные жертвы.

В основе фамилии лежит не полное имя, а его обиходная, «домашняя» форма — Исаёнок. Суффикс -ёнок в восточнославянской традиции (в первую очередь в белорусской и западнорусской) изначально указывал на молодое существо или потомка: «сын Исая» или «маленький Исай». Со временем такие прозвища закрепились за детьми и внуками, став наследственными фамилиями. Это отличает Исаёнок от более распространённых фамилий на -ов/-ев: модель с -ёнок характерна для регионов, где преобладала не московская, а местная, западнорусская или белорусская традиция имяобразования.

Таким образом, фамилия Исаёнок напрямую связывает носителя с библейским пророческим именем, но через бытовую, крестьянскую или мещанскую среду, где имя нередко сокращали и «уменьшали». По своему типу это типичная «патронимическая» фамилия, отвечающая на вопрос «чей сын?» — сын того, кого в семье звали Исаёнком, то есть маленьким Исаем.