Фамилия Исаенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Исайя. Имя Исайя в переводе с древнееврейского означает «спасение Господне». Исайя известен, в первую очередь, своими пророчествами о Мессии, а также идеями социальной справедливости и всеобщего равенства, что даёт основания считать его предтечей социалистических мыслителей последующих веков. Поэтому Исаенко буквально понималось как «сын Исайя». Фамилия Исаенко образована от имени Исай, которое является производной формой имени Исайя. Оно в переводе с древнееврейского языка означает «спасение Господне». Это имя принадлежало жившему в IX веке до нашей эры древнееврейскому пророку Исайе. Он был ревностным поборником религии Яхве и обличал идолопоклонство. Авторству Исайи принадлежат 1-33 и 36-39 глав книги Ветхого Завета. Таким образом, потомок человека, которого звали Исай, со временем получил фамилию Исаенко. Так, в документах Томской области упоминаются Максим Митрофанович Исаенко, родившийся в 1888 году и проживавший в Поспелихинском районе Алтайского края, Мария Васильевна Исаенко, родившаяся в 1945 году в Томской области. Среди известных однофамильцев можно назвать Героя Советского Союза Николая Андреевича Исаенко.