Фамилия Исаенков образована от имени Исай, канонической формой которого является имя Исайя. Исайя с древнееврейского языка на русский переводится как «спасение Господне». В IX веке до нашей эры жил древнееврейский пророк, ревностный поборник религии Яхве и обличитель идолопоклонства, автор 1-33 и 36-39 глав книги Ветхого Завета, носящей его имя. Исайя развивает и углубляет основную идею пророка Амоса о примате морали над культом. Будущее народа Израиля зависит от его способности осуществить на практике идеалы справедливости и правосудия, ибо нравственность угоднее Богу, чем формальное отправление культа и обильные жертвы. Под этим углом зрения Исайя бичует судей, царедворцев и сильных мира сего, богачей, эксплуатирующих бедняка, обличает их алчность, развращенность и цинизм и предрекает им неотвратимую кару — их города будут разрушены, дома заброшены и земли опустошены. Согласно апокрифическим легендам, Исайя умер мученической смертью. Со временем, вероятно, род Исаенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Исай, со временем получил фамилию Исаенков.