Фамилия Исаенков — одна из тех, что построена по самой распространённой в русском ономастиконе модели: основа + суффикс -ов. Однако её основа необычна: это не прозвище и не ремесло, а украинская или белорусская форма имени Исай — Исаенко. Когда носитель такой фамилии оказывался в великорусских землях, её русифицировали, наращивая типичное -ов. Так Исаенко превратился в Исаенкова.

Имя Исай — это народный, сокращённый вариант библейского Исайя. В древнееврейском языке оно означает «спасение Господне». В Ветхом Завете Исайя — один из самых значительных пророков, живший, по преданию, в IX веке до н. э. Он первым заговорил о том, что мораль и справедливость важнее формального соблюдения обрядов. Исайя резко обличал богачей и судей за алчность и лицемерие, предрекая, что за это их города падут, а земли опустеют. По апокрифам, пророк принял мученическую смерть.

В русской традиции имя Исай встречалось у крестьян и мещан, реже у духовенства. От него пошли разные фамилии: Исаев, Исайкин, Исаченко. Исаенков стоит в этом ряду особняком благодаря своему суффиксу. Форма Исаенко (с уменьшительно-ласкательным или патронимическим -енко) типична для восточной Украины и юга России. Когда носитель такой фамилии переселялся севернее, в среднерусские губернии, его фамилию «подгоняли» под местный стандарт, добавляя -ов. Так и появился Исаенков — потомок того, кого в семье звали Исаем.