Фамилия Исаенкова образована от мужского личного имени Исайя, которое в переводе с древнееврейского означает «спасение Господне». Чтобы понять, как крестильное имя превратилось в фамилию, стоит разобрать словообразовательную цепочку. От полной формы Исайя в народной речи возникли производные формы — Исай, Исайко, Исаенко. Последняя, с украинским суффиксом -енко, указывающим на сына или потомка, и легла в основу фамилии. Суффикс -ов- в финале (Исаенков) — типичная русификация: так фамилию адаптировали при переносе в великорусскую среду, добавив стандартный патронимический суффикс. Женская форма Исаенкова — это, по сути, вариант «жена или дочь Исаенкова».

География фамилии довольно показательна. Основной ареал — южные области России и восток Украины, особенно Белгородская, Курская, Воронежская области и Харьковщина. Это логично: модель на -енко характерна для украинской ономастики, а в приграничных регионах она смешивалась с русской традицией. Встречаются носители и в центральной России, но реже, и почти всегда это следствие миграций XIX–XX веков.

В отличие от многих фамилий на -енко, которые образованы от прозвищ или профессий, Исаенкова имеет однозначную церковную основу. Имя Исайя в православных святцах — одно из ветхозаветных, и давали его детям в крестьянской среде нередко. Поэтому предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а не духовенством (хотя имя популярно и среди священников). Никакого отношения к ремеслу или месту жительства основа фамилии не имеет — только к имени.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Исайя произносили как Исай, без йотации, и от этой формы могли возникнуть параллельные фамилии — Исаев, Исайкин. Но Исаенкова стоит особняком: суффикс -енко чётко указывает на украинский или южнорусский корень, в отличие от северных -ов/-ев. Если встретите фамилию Исаенков в старых документах, почти наверняка речь идёт о выходце из Малороссии или Слобожанщины.