Фамилия Исаматов образована от личного имени Исамат. Это имя, в свою очередь, восходит к арабскому «исамат», что означает «непорочность», «безгрешность», «чистота». В мусульманской традиции имя часто давали с пожеланием ребёнку праведной жизни, свободной от пороков. Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище или профессия, а теофорное имя, несущее религиозно-этический смысл.

При разборе словообразовательной модели видно, что фамилия строится по стандартной для тюркских и кавказских регионов схеме: основа (Исамат) + русский патронимический суффикс -ов. Это говорит о том, что фамилия возникла в среде, где на рубеже XIX–XX веков активно шла русификация имён и фамилий — чаще всего среди татар, башкир, народов Северного Кавказа и Средней Азии. Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду человека по имени Исамат: «сын Исамата» или «внук Исамата».

Географически фамилия Исаматов наиболее распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и в Узбекистане, где имя Исамат сохранилось в более архаичной форме без фамильного суффикса. В русских переписях фамилия фиксируется с конца XIX века, но как массовое явление оформилась уже в советское время, когда паспортизация закрепила за многими мусульманскими именами стандартные русские окончания.

Стоит отметить редкий для русских фамилий корень: если в основе лежит арабское слово «исама», то оно не имеет прямых параллелей в славянской ономастике. Это делает фамилию Исаматов ярким маркером этнической и религиозной принадлежности предков — скорее всего, они были мусульманами-суннитами, жившими в зоне контакта тюркских и финно-угорских народов.