Фамилия Исасай — редкий случай, когда перед нами почти наверняка не русская фамилия в традиционном понимании, а транслитерированная форма, сохранившая исходное звучание. Она не вписывается в стандартные модели на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её позднее происхождение или иноязычную основу. Скорее всего, это вариант библейского имени Исайя (Исаия), который попал в русский язык через южнославянские или румынские диалекты, где форма «Исасай» могла возникнуть как народная переделка.

В русской ономастике фамилии на -ай нередки среди потомков духовенства или крестьян, получивших прозвище по имени святого. Однако «Исасай» встречается настолько редко, что её носители — это, вероятно, потомки одного или нескольких переселенцев из Молдавии, Бессарабии или балканских регионов. Там имя Исайя в местной огласовке (например, Isaia) могло обрасти суффиксом -ай, как в румынских фамилиях типа Гаврилай или Михалай. В русских документах XIX века подобные формы фиксировали «на слух», без приведения к стандартному окончанию.

Если отбросить версию о случайном искажении при переписи (что тоже возможно для единичных записей), то основа фамилии восходит к древнееврейскому имени Yesha'yahu — «Яхве — спасение». В православных святцах это имя давали в честь пророка Исаии, поэтому предок мог быть священником или просто человеком, названным по святцам. Но из-за редкости фамилии строить догадки о сословии сложно: в архивах она скорее всего всплывает как единичный случай, а не как фамилия целого рода.

Главная особенность «Исасай» — её неадаптированность. В отличие от «Исаев» или «Исайкин», она не обросла русскими суффиксами, что говорит либо о поздней миграции (конец XIX — начало XX века), либо о том, что носители долго сохраняли диалектное произношение. Сравнение с однокоренными фамилиями (Исай, Исайчук, Исааков) показывает, что «Исасай» стоит особняком — это не усечение и не патроним, а прямая запись имени в той форме, в какой его слышали писарь или чиновник.