Фамилия Исебеков — редкий пример, где основа, скорее всего, восходит не к славянскому имени или прозвищу, а к тюркскому антропониму. Разбор фамилии стоит начать с её финала: суффикс -ов указывает на русскую модель образования (обычно «чей сын?» или «чей потомок?»), но сама основа Исебек — явно не русская. Это типичная для тюркских языков (особенно казахского, ногайского, каракалпакского) двухкомпонентная конструкция.

Первая часть — Исе (или Иса) — это арабское имя Иисус (Иса), которое через ислам широко распространилось у тюркских народов. Вторая часть — бек — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «вождь». В составе личных имён «бек» часто прибавляли к имени в значении «крепкий, как бек», «под покровительством бека» или просто как пожелание знатности. Получается, что исходное личное имя Исебек означает что-то вроде «господин, подобный Исе» или «Иса-бек» — имя, данное в честь пророка Исы с добавлением аристократического компонента.

Фамилия Исебеков образована по обычной для славянской канцелярии схеме: к тюркскому имени пришили русский патронимический суффикс. Это значит, что предок носителя фамилии в документах (например, при переписи или записи в метрическую книгу) был записан как Исебек, а его сын или внук уже стал Исебековым. Такая фамилия типична для народов, живших в зоне контакта тюркского и русского миров: казахов, татар, башкир, ногайцев, а также для казаков, которые нередко брали в жёны женщин из соседних тюркских родов и давали детям фамилии по имени деда.

Географически фамилия Исебеков почти не встречается в центральной России. Её ареал — Западный Казахстан, Астраханская область, Оренбуржье, возможно, Крым. В дореволюционных списках она могла записываться по-разному: Исебеков, Исабеков, Исебековъ. Разница в написании (Исе/Иса) — это местные диалектные особенности произношения имени Иса. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от кочевых скотоводов до мелких служилых людей (толмачей, казаков), но в любом случае фамилия указывает на человека, чей род сохранил память о мусульманском имени предка.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Исебеков стоит в одном ряду с Исаевым (от имени Исай) и Бековым (от титула «бек»), но отличается тем, что склеил два корня в одно имя. Это делает фамилию более конкретной и редкой — она не просто «сын бека», а «потомок того, кого звали Исебек».