Фамилия Исенеков — редкая и неочевидная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить привычную логику «Иван — Иванов» и обратиться к тюркским языкам. Основа здесь — имя или прозвище Исенек. В тюркской ономастике это имя является производным от слова «исен» (или «эсен»), что означает «здоровый», «благополучный», «невредимый». Это пожелательное имя: давая его ребёнку, родители желали ему крепкого здоровья и счастливой судьбы. Суффикс -ек — уменьшительно-ласкательный, характерный для башкирского, татарского и казахского языков. Таким образом, Исенек — это «здоровенький», «благополучный».

Словообразовательная модель фамилии — типично русская, с патронимическим суффиксом -ов. Это значит, что фамилию зафиксировали в русской административной среде: «сын Исенека» превратился в Исенекова. Именно такая модель (тюркское имя + русский суффикс) — главный маркер того, что предки носителя фамилии попали в сферу русского делопроизводства, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьян и служилых людей из нерусских народов массово вносили в ревизские сказки и метрические книги.

Географически фамилия Исенеков тяготеет к регионам с компактным проживанием башкир и татар — это Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается она и в Казахстане, где имя Есен (аналог Исен) очень распространено. Поэтому версия о башкирском или татарском происхождении — самая правдоподобная. В русском языке фамилия не могла возникнуть естественным путём, так как корень «исен» для славянской лексики чужд.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить, что основа происходит от слова «исенек» как диалектного названия какого-то предмета, но такая гипотеза слабая и не подтверждается ни одним из известных словарей тюркских наречий. Гораздо логичнее остановиться на антропонимической модели «личное имя + русское окончание». Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или казачьим — в казачьих войсках Оренбуржья и Урала было много людей с тюркскими корнями. Дворянских родов с такой фамилией в истории не зафиксировано, а значит, перед нами фамилия народная, живая, без гербовой пыли.