Фамилия Исенев — редкий образец русской фамилии, образованной от неканонического (не церковного) имени или прозвища. Её основа — «Исен», что в русской народной среде могло быть формой крестильного имени Исаия (древнееврейское «спасение Господне»), а также производной от имени Иса, Исак (Исаак). Однако есть и другая, более неожиданная версия: в некоторых говорах «и́сень» означало «осень», и прозвище Исень могли дать ребёнку, родившемуся в эту пору, либо человеку с «осенним», спокойным нравом.

Суффикс «-ев» (а не «-ов») указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный — в данном случае на «н». Такая модель типична для русских фамилий, возникших в центральных и северных регионах России. Фамилия Исенев, скорее всего, сформировалась в крестьянской среде не позднее XVII века: тогда отчество «Исенев сын» закрепилось как наследственное имя рода.

Любопытная деталь: в отличие от фамилий на «-ин» (Исаин, Исакин), вариант Исенев встречается заметно реже. Это позволяет предположить, что прозвище Исень было не просто сокращением от Исаия, а самостоятельным мирским именем, которое давали вне церковного календаря. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) аналогичные случаи описываются как «отчества от прозвищ, образованных от календарных имён с помощью усечения».

География фамилии сегодня не широка: Исеневы встречаются в Поволжье и на Урале, что совпадает с зонами позднего заселения, куда переселялись крестьяне из центральных губерний. Никаких известных дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — перед нами фамилия простого сословия, где за основой стоит либо имя из святцев, перекроенное на русский лад, либо меткое прозвище от слова «осень».