Фамилия Исенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Исайя. Крестильное мужское личное имя Исайя в переводе с древнееврейского означает «спасение Господне». От этого имени было образовано множество производных форм, одна из которых — Иса — и легла в основу данной фамилии. Поэтому Исенко буквально понималось как «сын Исы».