Основой фамилии Исенова послужило мирское имя Евсен. Фамилия Исенова, возможно, восходит к церковному имени Евсевий (в переводе с греческого – «благочестивый»). В этом случае основой для фамилии послужила его мирская форма Евсен. Со временем звук В был утрачен, под влиянием говоров произошло чередование гласных е/и. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Исенова образована от прозвища Есенний («осенний»), которое получил человек, родившийся осенью. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Евсен, со временем получил фамилию Исенова.