Фамилия Исенова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Исенов. Происхождение этой фамилии чаще всего связывают с крестильным именем Евсевий (от греческого «благочестивый»). В народном обиходе это имя получило сокращенную форму Евсен. Именно она и легла в основу фамилии, но со временем претерпела изменения: звук «в» в корне утратился, а гласный «е» под влиянием местных говоров перешел в «и». Так из Евсенова получилась Исенова.

Есть и другая версия, менее убедительная. Согласно ей, фамилия могла произойти от прозвища Есенний, то есть «осенний». Так могли назвать ребенка, родившегося в осеннюю пору. Однако первая версия — от имени Евсен — выглядит куда правдоподобнее, поскольку она вписывается в типичную для русских фамилий модель: суффикс -ов/-ева присоединяется к основе, которая была личным именем или прозвищем.

Фамилия Исенова не относится к числу распространенных. Ее редкий суффиксальный вариант и фонетические изменения (утрата «в» и переход «е» в «и») делают ее интересным примером того, как живая речь перекраивала книжные церковные имена. Сословная принадлежность первых носителей неизвестна, но по модели образования можно предположить, что фамилия сложилась в среде крестьян или посадских людей, где чаще всего и бытовали обиходные формы канонических имен.