Фамилия Исембаева образована от мусульманского имени Исембай, которое восходит к двум тюркским основам: «исем», что значит «имя», «доброе имя, слава», и «бай» - «хозяин», «богатый, состоятельный, могущественный человек», «господин». Таким образом, имя Исембай возможно перевести как «хозяин с добрым именем». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Исембаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.