Фамилия Ишбатыров образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Основа здесь — мужское личное имя Ишбатыр. Это имя составное, тюркского происхождения, и его разбор даёт ключ к значению фамилии.

Первая часть, «иш», в большинстве тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) означает «работа», «труд», «дело». Вторая часть, «батыр», — широко известное слово, означающее «богатырь», «храбрец», «герой», «силач». Вместе Ишбатыр — это «богатырь дела» или «трудолюбивый герой». Имя-композит с компонентом «батыр» было популярно у многих тюркских народов (сравните с именами Акбатыр, Карабатыр, Алп-батыр), и оно прямо отражало пожелание или характеристику: человека, сильного в труде или в бою.

Фамилия Ишбатыров, скорее всего, имеет башкирское происхождение. Именно у башкир имя Ишбатыр встречается в исторических документах и родословных (шежере) чаще, чем у других тюркских народов. Например, в записях о башкирских кантонах XIX века упоминаются Ишбатыры. Модель «русский суффикс + тюркское имя» типична для фамилий, возникших после вхождения Башкирии в состав Русского государства, когда имена начали фиксировать по русским документальным стандартам.

Встречается также вариант написания с одной «т» — Ишбатыров, что может быть следствием упрощения в устной речи или ошибки писаря. Оба варианта относятся к одному корню. Социально носители фамилии, скорее всего, происходили из среды башкирских вотчинников (землевладельцев) или рядовых общинников, так как имя «батыр» не было исключительно аристократическим, а давалось как почётное прозвище за личные качества.

Однокоренные фамилии, построенные по той же схеме, — Ишбулатов («будь богатырём»), Ишмуратов («богатырская цель»), Ишкарин («богатырь-смотритель»). Все они объединены корнем «батыр» и указывают на общий культурный пласт народов Южного Урала и Поволжья.