Фамилия Ишбердеев — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать как патроним, образованный от личного имени Ишберде. Модель типична для татарской, башкирской и ряда других тюркских ономастик: к основе добавлялся русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных), который в XVI–XIX веках закрепился в документах при переходе на фамилии у крещёных и служилых тюрков.

Имя Ишберде составное. Первая часть «иш» в тюркских языках означает «работа», «дело», «товарищ», «спутник». Вторая часть «бирде» — «дал», «даровал». В сумме имя можно истолковать как «товарищ дан» или «спутник дарован». Это не прозвище, а типичное для домусульманской и раннемусульманской традиции имя-пожелание: родители надеялись, что у ребёнка будет надёжный друг, помощник или что он сам станет хорошим товарищем. Встречаются параллельные формы: Ишберди, Ишбирде, Ишбердин.

Географически фамилия Ишбердеев плотно привязана к Южному Уралу и Приуралью. Наибольшая концентрация носителей — в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на башкирские или татарские корни, причём в башкирской среде имя Ишберде фиксируется в шежере (родословных) и документах XVIII–XIX веков. Сословно предки Ишбердеевых, скорее всего, были тептярями, бобылями или государственными крестьянами — редко дворянами, поскольку фамилия не встречается в родословных книгах русского столбового дворянства.

Любопытная деталь: в некоторых говорах и диалектах «иш» могло также означать «пара», «ровня». Тогда имя приобретало дополнительный оттенок — «ровня дана», то есть ребёнок родился в пару к кому-то (возможно, к умершему ранее старшему брату или сестре). Эта версия менее распространена, но не противоречит тюркской антропонимической логике.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду однокоренных: Ишбердин, Ишбулатов, Ишмуратов. Все они построены по схеме «иш + глагольная основа в прошедшем времени». Русский суффикс -ев здесь не несёт дополнительного значения, а лишь адаптирует тюркское имя к русской грамматике.