Фамилия Ишембаева — женская форма фамилии Ишембаев. В основе лежит тюркское мужское имя Ишембай, которое состоит из двух частей: «иш» (работа, дело, занятие) и «бай» (богатый, хозяин, господин). Таким образом, имя означало «богатый делами», «хозяин своего дела» или «трудолюбивый хозяин». В дореволюционной Башкирии и среди татар имена с компонентом «бай» давали мальчикам в семьях, где желали сыну благосостояния и хозяйственности.

Фамилия образована по русской модели притяжательных прилагательных: к основе Ишембай добавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Окончание -а указывает на принадлежность женщине: Ишембаева — «дочь или жена Ишембая». Встречается эта фамилия в основном у башкир и татар, особенно в Республике Башкортостан, а также в Оренбургской и Челябинской областях, где исторически компактно живут тюркские народы.

Интересно, что в отличие от многих русских фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, здесь использован суффикс -ев, потому что имя Ишембай заканчивается на -й. Эта особенность роднит фамилию с другими башкирскими и татарскими фамилиями, такими как Акбаев, Кутлубаев, Юлдашев. Если предок носил имя Ишембай, он мог быть скотоводом, ремесленником или просто крестьянином среднего достатка — имя не указывает на знатность, а скорее на уважаемого в общине хозяина.