Фамилия Ишганайтис — редкий пример литовского по происхождению родового имени, сохранившего прямую смысловую связь со словом išganytojas, то есть «спаситель». В отличие от множества русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, здесь за основу взято не имя, а отвлечённое понятие, что само по себе необычно для фамильной традиции. Скорее всего, прозвище Ишганайтис (или его более ранняя форма) закрепилось за человеком, которого в округе знали как безотказного помощника, того, кто выручал в беде. Со временем прозвище перешло в фамилию и закрепилось за потомками.

Обращает на себя внимание суффикс -айтис (-aitis): в литовской антропонимике он типичен для образования фамилий от прозвищ или имён и указывает на принадлежность к роду (буквально «сын такого-то»). Таким образом, Ишганайтис — это «сын Спасителя» или «потомок того, кого звали Спасителем». Подобная модель широко распространена в Литве, но для русского уха фамилия звучит непривычно, что и объясняет её редкость за пределами прибалтийского региона.

Процесс формирования фамилий у литовцев был долгим и завершился в основном к XIX веку, поэтому без генеалогических изысканий невозможно точно сказать, в каком именно месте и в какое время появился первый носитель фамилии Ишганайтис. Однако само слово išganytojas имеет глубокие корни в литовском языке и встречается в религиозных текстах (как обозначение Спасителя в христианском смысле), что допускает версию: прозвище мог получить человек, связанный с церковью или известный своим милосердием. В любом случае, фамилия несёт яркую характеристическую окраску и выделяет своего носителя среди окружающих.