В основе фамилии Ишганайтис лежат литовское слово išganytojas, которое дословно можно перевести как «спаситель». Согласно этому, можно предположить, что основатель рода Ишганайтис был безотказным человеком, который всегда был готов придти на помощь тому, кто оказался в беде. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ишгагайтис можно лишь на основании генеалогических исследований.