Фамилия Ижганайтис — яркий пример литовской фамилии, которая в русском языке сохранила своё оригинальное окончание. Это не случайное совпадение: суффикс «-айтис» (в литовском написании -aitis) — один из самых распространённых патронимических суффиксов в литовской ономастике. Он указывает на происхождение по отцу, аналогично русскому «-ович» или польскому «-овиц». Фамилии на «-айтис» буквально означали «сын такого-то». Таким образом, Ижганайтис — это «сын Ижганаса» (или Ижгана).

Основа фамилии — «Ижгана» — скорее всего, восходит к литовскому слову ižganas или ižginti. Глагол ižginti означает «выгонять», «изгонять», «прогонять». В диалектах могло быть и прозвище Ižganas — «выгонщик», «пастух», а в переносном смысле — «изгнанник» или человек, который кого-то выпроваживает. Поэтому первая и самая вероятная версия: предок носителя фамилии был пастухом, скотником, либо получил прозвище за резкий или неуживчивый нрав.

Менее вероятная, но возможная версия связывает корень с литовским ežys (ёж) через диалектные формы. Однако такое преобразование потребовало бы сильного искажения звучания, поэтому гипотеза с «выгоном» выглядит убедительнее.

Географически фамилия Ижганайтис привязана к северо-востоку Литвы и историческим землям Жемайтии. Встречается она нечасто: это редкая фамилия, которая практически не распространилась за пределы Литвы и приграничных районов Латвии. В России и Беларуси её носители — это потомки литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, или люди, чьи предки сохранили литовское написание при записи в метриках.

Словообразовательная модель проста: личное или прозвищное имя Ижганас + суффикс -айтис. В русском языке окончание «-ис» закрепилось как стандартное для литовских фамилий (сравните: Будрайтис, Паулайтис). Социальный слой предков — скорее всего, крестьяне или ремесленники, так как литовские фамилии на «-айтис» в массе своей возникли в среде простого народа в XVI–XVIII веках.