Фамилия Ишгарин — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское слово, адаптированное русской фамильной моделью. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ишгарин буквально означает «сын Ишгары» или «человек из рода Ишгары». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а, -я.

Корень «ишгар» восходит к тюркским языкам (татарскому, башкирскому, возможно, казахскому). Скорее всего, это сложное имя или прозвище: «иш» по-тюркски означает «работа, дело, труд», а «гар» может быть вариантом слова «кар» — «снег», либо частью имени «Гарай» (могучий, сильный). Таким образом, Ишгара можно перевести как «работающий в снегу» (что могло указывать на занятие охотой или ямщицким промыслом зимой), либо как «трудолюбивый Гарай». Вторая версия правдоподобнее: в татарской ономастике распространены двухосновные имена, где вторая часть — усилительная или качественная характеристика.

Географически фамилия Ишгарин почти наверняка привязана к Волго-Уральскому региону — к территориям современного Татарстана, Башкортостана, Оренбургской области. Там в XVIII–XIX веках активно формировались фамилии у татар и башкир, принявших православие или перешедших в русскую культуру. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из татарских селений, а сама фамилия могла возникнуть при переписях, когда русские писцы записывали тюркское имя на слух, добавляя стандартный суффикс.

В отличие от фамилий на -ов, которые преобладают у русских, Ишгарин — пример более редкой -ин-основы, что дополнительно подтверждает её восточное происхождение. Однокоренных фамилий мало: можно встретить Ишгаров (с другим суффиксом, указывающим на иное окончание основы), но Ишгарин стоит особняком. Сведений о дворянском происхождении или известных исторических носителях нет — это фамилия преимущественно народная, крестьянская, что не делает её менее ценной для генеалогии.