Фамилия Ишарин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, образовано от названия животного, но не в прямом, а в переносном значении. Основа «ишак» в русских говорах означала не только домашнее животное, но и упрямого, глуповатого или очень работящего человека. Прозвище Ишарь (с суффиксом -арь, указывающим на деятеля или носителя свойства) давали тому, кто проявлял упрямство, неожиданную выносливость или, наоборот, медлительность. В отличие от фамилий на -ов (Ишаков), где прозвище было просто Ишак, суффикс -арь встречается реже и придаёт прозвищу более яркий, активный оттенок: не просто «ишак», а «тот, кто ведёт себя как ишак».

Второй, менее вероятный вариант — связь с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках слово «иш» означает «друг, товарищ», а «ишар» — «знак, намёк». Если фамилия возникла в среде поволжских татар или башкир, основа могла быть искажена при записи в русских документах. Однако русская модель образования с суффиксом -ин (чей? — сын Ишаря) указывает на то, что исходное прозвище уже имело форму Ишарь, а не тюркское имя. Поэтому версия с русским прозвищем от «ишака» выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где русские и тюркские говоры веками смешивались. Встречается в Оренбургской, Самарской, Челябинской областях и в Татарстане. В дореволюционных переписях носители Ишариных — преимущественно государственные крестьяне, реже — мещане. Сословных дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: в некоторых говорах (например, вятских) «ишарь» означало не только упрямца, но и человека, который делает всё наоборот, назло. Это придаёт фамилии не столько уничижительный, сколько ироничный оттенок — прозвище могли дать не в обиду, а как шутливую характеристику. Сравните с однокоренными Ишаков, Ишанин, Ишатов — все они восходят к той же основе, но Ишарин выделяется редким словообразовательным типом, что делает его почти уникальным в ономастике.