Фамилия Ишалин образована от тюркского составного имени Ишали. В её основе лежат два корня: «иш» и «али». Первый компонент «иш» в древнетюркском означает «товарищ, спутник, друг», а также «ровня, равноценный» или «пара, прибавление». Второй корень «али» восходит к арабскому «Али» — «великий, возвышенный, могучий». Сложение этих смыслов даёт значение «товарищ Али» или «спутник Али».

Интересна не только семантика, но и бытовая подоплёка таких имён. Имена с компонентом «иш» в тюркской среде нередко давали мальчикам, родившимся после смерти старших братьев. Корень «иш» в значении «пара, добавка» указывал на то, что ребёнок мыслился как восполнение утраты, новый «ровня» умершему. То есть имя Ишали могло нести пожелание, чтобы мальчик стал достойным «спутником» или «заменой» в роду.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который в данном случае указывает на принадлежность: «чей?» — Ишалин, то есть потомок человека по имени Ишали. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар и башкир, где тюркские имена адаптировались через русские патронимические суффиксы.

Географически фамилия Ишалин встречается преимущественно в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях — на территориях, где исторически жили башкиры и татары, у которых имя Ишали было распространено. Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего относились к государственным крестьянам или тептярям — категории, сочетавшей черты земледельцев и военных поселенцев.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает точнее понять происхождение. В тех же регионах бытуют Ишаев (от имени Ишай — «товарищ Ай»), Ишбаев, Ишмуратов. Все они образованы по той же схеме: тюркское сложное имя плюс русский суффикс. Фамилия Ишалин стоит в этом ряду как пример имени, где второй компонент — не месяц или слово «богатство», а имя одного из самых почитаемых в исламе людей — Али, зятя пророка Мухаммеда. Это придаёт фамилии не только бытовой, но и религиозно-культурный оттенок.