Фамилия Ишалеев образована от личного имени Ишалей (или Ишали). Это составное тюркское имя, которое складывается из двух корней: «иш» и «али». Первая часть, «иш», в древнетюркском имела широкий спектр значений: «товарищ, спутник, друг, помощник», а также «ровня, подобный», «народ, семья, род». Кроме того, «иш» могло означать «чётный, парный» или «прибавление» — такие имена нередко давали мальчикам, родившимся после смерти старших братьев, как символ «добавки» или «замены». Вторая часть, «али», восходит к арабскому корню со значением «великий, возвышенный, высший, могущественный», «дорогой», «превосходящий».

Таким образом, имя Ишалей можно истолковать как «товарищ Али» или «спутник Али». В тюркской ономастике компонент «али» часто указывает на связь с исламской традицией, где Али — имя зятя пророка Мухаммеда, почитаемого как образец доблести и праведности. Соответственно, Ишалей могло быть именем-пожеланием, подчёркивающим дружбу или духовную близость к этому высокому образу.

Фамилия Ишалеев построена по типичной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или -й. В данном случае исходная форма имени — Ишалей — дала основу Ишале-, а суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын Ишалея» или «из рода Ишалеевых». Такая модель была особенно распространена при русификации тюркских фамилий в XVI–XIX веках, когда нерусское население Поволжья и Урала получало фамилии по отцу.

Географически фамилия Ишалеев встречается преимущественно в регионах с тюркским населением — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на её башкирские или татарские корни. В отличие от многих других фамилий на -ев, здесь нет варианта с суффиксом -ов, что подтверждает исходную форму имени на -ей, а не на твердый согласный.

Словообразовательная модель Ишалеев редка: она не образует гнезда однокоренных фамилий в русском ономастиконе. Встречаются лишь единичные варианты вроде Ишалин или Ишалов, но они менее употребительны. Это делает фамилию ценной для локальных генеалогических исследований — по ней можно проследить историю конкретного рода, а не широкого пласта населения.