Фамилия Ишанин — редкий случай, где суффикс -ин не указывает на принадлежность отцу (как в большинстве русских фамилий), а скорее играет роль притяжательного окончания: «чей?» — Ишанин, то есть сын или потомок Ишана. Но вот с основой сложнее: слово «ишан» в русском языке не является ни крестильным именем, ни распространённым прозвищем. Здесь кроется главная загадка фамилии.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В языках Средней Азии и Поволжья «ишан» (ишон) — это духовный титул, глава суфийской общины или просто уважаемый, святой человек. В татарской, башкирской, узбекской среде это слово было распространено как личное имя или почётное прозвище. Если предок носителя фамилии был выходцем из татарской или башкирской среды, то Ишанин — это русифицированная форма: к основе «Ишан» добавили типичный русский суффикс -ин, чтобы адаптировать фамилию к документам на русском языке. Подобным образом возникли, например, фамилии Муллин (от «мулла») или Ахунов (от «ахун» — религиозный деятель).

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с диалектным русским словом «иша» — уменьшительная форма от имени Иван (через форму Ишаня). В некоторых говорах «иша» означало также «ишак», но это прозвище вряд ли легло в основу фамилии из-за уничижительного оттенка. Если же отталкиваться от имени Иван, то фамилия Ишанин — довольно редкий вариант на фоне привычных Иванов, Иванькиных или Иванцовых.

Географически фамилия встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах с давними тюркско-русскими контактами. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: возможно, фамилия закрепилась в одном-двух сёлах и не получила широкого распространения.

Таким образом, Ишанин — это, скорее всего, фамилия-указатель на социальный статус или духовный сан предка. Носитель такой фамилии мог происходить из семьи уважаемого религиозного деятеля среди татар или башкир, чьё прозвище при переходе в русскую культуру оформилось по стандартной модели с суффиксом -ин.