Фамилия Ишанкова образована от мужского имени Ишан, которое в свою очередь восходит к слову «ишан» — так в Средней Азии и у татар называли главу суфийской общины, духовного наставника. Слово заимствовано из персидского, где «ишан» означает «они» — почтительная форма обращения к уважаемому лицу. В русской среде прозвище Ишан мог получить человек, чем-то напоминавший такого наставника: строгий нрав, склонность к поучениям или просто уважаемое положение в общине.

Суффикс -ов- в основе Ишанков указывает на принадлежность: Ишанков — буквально «сын Ишана» или «потомок Ишана». Это типичная для восточных регионов России модель, где тюркские и арабские имена легко обрастали русскими фамильными окончаниями. Окончание -а — женская форма, то есть носительница фамилии Ишанкова — женщина, а её предок по мужской линии носил фамилию Ишанков.

Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — регионах, где исторически жили татары и башкиры, исповедовавшие ислам и знакомые с институтом ишанов. Встречается она и у казахов, но там обычно пишется как Ишанкулов или Ишангалиев — с другим суффиксом. Русское окончание -ов выдает, что фамилия оформлялась уже в документах на русском языке, скорее всего, в XIX веке при переписях.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского имени Ишан, которое могло быть уменьшительной формой от Ишмухаммет или Ишбулат, где «иш» означает «друг, товарищ». В этом случае Ишанков — просто «сын Ишана», без религиозного подтекста. Однако большинство ономастов склоняются к первой версии, так как слово «ишан» как титул было широко известно в Поволжье и Приуралье.

Встречается также вариант написания Ишанкова с ударением на второй слог, что характерно для русской адаптации тюркских фамилий. В татарском произношении ударение падало бы на последний слог — Ишанкóва, но в русском языке оно сместилось по аналогии с фамилиями на -ов.