Фамилия Ишакова — женская форма, а мужская, Ишаков, образована по самой распространённой в русском языке модели с суффиксом -ов. Это значит, что в основе лежит прозвище или нецерковное имя Ишак, а фамилия буквально отвечала на вопрос «чей?» — сын Ишака, потомок Ишака. Суффикс -ов указывает на принадлежность, и такие фамилии в центральной России и на севере закрепились в основном к XVII–XVIII векам.

Сама основа — Ишак — не имеет отношения к животному «ишак» (осёл), хотя внешнее сходство и провоцирует ложные догадки. Слово «ишак» в значении «осёл» пришло в русский язык из тюркских языков относительно поздно, в XVI–XVII веках, и вряд ли успело стать распространённым прозвищем. Куда вероятнее, что Ишак — это производная форма от крестильного имени Исаак (в русской народной традиции Исаака нередко называли Исак, Исачко, а в некоторых говорах — Ишак). Такое стяжение согласных — обычное дело в живой речи: Исак превращался в Исак, а затем в Ишак через замену «с» на «ш» под влиянием акающих говоров или просто для удобства произношения. Параллели видны в фамилиях Исаков и Ишанин, где основа та же.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — происхождение от тюркского имени Ишак, которое в некоторых языках означает «друг» или «товарищ» (сравните с узбекским «иш» — работа, дело, но в именах — «спутник»). В таком случае фамилия могла возникнуть у русских, живших в смешанных с тюрками регионах, например в Поволжье или на южных окраинах. Однако для центральной России версия с Исааком надёжнее: она опирается на традицию русских святцев, где имя Исаак было хорошо известно, и на типичную фонетическую эволюцию.

Географически фамилия Ишаков (и Ишакова) встречается рассеянно, без явного гнезда в одном уезде. Её носители есть и на севере, в Архангельской области, и в центральных регионах, и в Сибири. Это говорит о том, что фамилия возникала в разных местах независимо — каждый раз, когда местного Исаака в быту называли Ишаком. Сословно предки могли быть кем угодно: от крестьян до священников, но в метрических книгах XIX века Ишаковы чаще всего записаны как государственные крестьяне или мещане.

Словообразовательно фамилия простая: основа Ишак + патронимический суффикс -ов. Ударение в большинстве говоров падает на второй слог — Ишако́в, хотя в некоторых регионах можно услышать И́шаков, что смещает акцент на корень. В женской форме ударение остаётся на том же месте: Ишако́ва.