Фамилия Ишаков — одна из тех, что напрямую отсылает к прозвищу, а не к крестильному имени. Её основа — слово «ишак», которое пришло в русский язык из тюркских наречий, где так называли осла или мула. Любопытно, что слово это закрепилось сначала в оренбургских и симбирских говорах — на юго-восточной окраине тогдашней России, где контакты с тюркским населением были особенно плотными. Оттуда «ишак» постепенно разошёлся по другим русским говорам, вытеснив или дополнив старорусское «осёл».

Прозвище Ишак могли дать по-разному. Самый прямой вариант — погонщику ослов или мулов, человеку, чья работа была связана с этими животными. Но не менее вероятно и переносное значение: в народной речи упрямого, своенравного человека тоже могли окрестить ишаком — по устойчивой ассоциации с упрямством осла. Вторая версия выглядит даже более живучей: прозвища по чертам характера в русской традиции встречаются чаще, чем по роду занятий.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Ишак» добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Ишаков, то есть сын Ишака). Это типичный патроним, каких тысячи в русском ономастиконе. Интересно, что фамилия не получила распространения в дворянской среде — она осталась крестьянской и мещанской, что подтверждается источниками.

В Книге памяти Республики Карелия значатся Ишаков Василий Павлович, 1894 года рождения, и Ишаков Петр Павлович, 1900 года рождения — оба из деревни Линдозеро Петровского района. Это северный след фамилии, неожиданный для южного по происхождению прозвища. Ещё один носитель, Ишаков Роман Кириллович, родился в 1888 году на станции Афонькино Средне-Волжского края (ныне Самарская область) — это уже ближе к исходному ареалу слова.

Если сравнивать Ишакова с однокоренными фамилиями, то в русском ономастиконе есть Ишанин (от уменьшительной формы Ишаня) и Ишаев (от тюркского имени Ишай). Но Ишаков стоит особняком: его основа — чистое нарицательное слово, без намёка на личное имя. Такие фамилии особенно ценны для историка языка — они фиксируют живую народную лексику, которая не всегда попадала в словари.