Фамилия Икшаков — одна из тех, где корень не лежит на поверхности, но при этом модель образования прозрачна. Основа «Икшак» плюс типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Икшака). Значит, прозвище или некалендарное имя Икшак когда-то носил прямой предок носителей фамилии.

Сам корень «икш-» — редкий и требует осторожного разбора. Самая вероятная версия связывает его с тюркскими языками, где «ик» может означать «нить», «волокно», а «икши» — «прядильщик». В таком случае Икшак — прозвище человека, занятого прядением или ткачеством, либо мастера по изготовлению верёвок. Это не дворянская и не крестьянская фамилия по происхождению, а скорее ремесленная: предок был не землепашцем, а кустарём.

Есть и вторая, менее очевидная версия: связь с диалектным словом «икша» — так в некоторых говорах называли небольшую речку или ручей (возможно, от финно-угорского «икса» — «вода»). Тогда Икшаком могли прозвать человека, жившего у такого ручья, или выходца из местности с похожим названием (например, посёлок Икша в Московской области стоит на реке Икша). Но фамилия Икшаков встречается не только в центральной России, но и в Поволжье и на Урале, где тюркское влияние сильнее, поэтому ремесленная версия выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых. В документах XVII–XIX веков её почти не найти — скорее всего, она оформилась поздно, в среде государственных или заводских крестьян, где прозвища давали по занятию, а не по отцу. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась в русской среде, а не в татарской (у татар была бы форма Икшаков, но с другим ударением или окончанием). Так что Икшаковы — русские по языку, но с тюркским следом в основе.