Фамилия Иакова — редкий случай, когда в основе лежит не русское крестильное имя, а его церковнославянская форма. Речь об имени Иаков — том самом, которое в бытовой речи закрепилось как Яков. Разница между Иаков и Яков не просто орфографическая: это два варианта одного имени, разошедшиеся по разным социальным средам. Иаков — форма, которую использовали в церковных текстах и при записи в метрические книги; Яков — обиходный, разговорный вариант. Поэтому фамилия Иакова указывает на то, что предка записали именно по церковной книжной традиции, а не по устному прозвищу.

Словообразовательная модель здесь простая, но показательная. Суффикс -ов принадлежит к самой массовой русской патронимической модели: «чей?» — Иаков → Иакова. Формально это притяжательное прилагательное, означавшее «сын Иакова». Однако в русской традиции фамилии на -ов обычно образовывались от имён, оканчивающихся на твёрдый согласный, а Иаков как раз под это правило подходит. Интереснее другое: фамилия стоит в женском роде (Иакова, а не Иаков). Это не ошибка — в русской ономастике встречаются случаи, когда фамилия закрепилась в форме женского рода, особенно если родоначальником был человек, которого в документах называли по матери или по жене. Но вероятнее, что перед нами просто фамилия, которая не склоняется по мужскому роду в исходной записи, а позже застыла в таком виде.

Географически фамилия Иакова встречается крайне редко. Основной ареал — южные регионы России и Украина, где церковнославянские формы имён дольше держались в официальных документах. В центральных и северных губерниях предпочитали писать Яковлев — от разговорного Яков. Поэтому Иакова можно считать не столько вариантом Яковлева, сколько его книжным, «учёным» двойником. Носители такой фамилии могли происходить из среды, где грамотность и церковная традиция играли большую роль: духовенство, приказные люди, мещане, имевшие дело с документами.

Социальный контекст тоже не случаен. В XVIII–XIX веках фамилии на -ов от полных церковных форм (Иаков, Иоанн, Георгий) чаще давали детям в семьях священников или дьячков — там имя записывали строго по святцам. Крестьянам же чаще писали упрощённый вариант. Так что предок с фамилией Иакова с высокой вероятностью имел отношение к церковной среде или, как минимум, к грамотному сословию, где книжное имя не заменяли обиходным.

Встречается и путаница: некоторые исследователи относят Иакова к числу фамилий, образованных от женского имени. Но женское имя Иакова в святцах отсутствует, а мужское Иаков — общеупотребительно. Поэтому версия с патронимом от мужского церковного имени остаётся основной и единственной убедительной.