Фамилия Ишанова — женская форма, а мужская, Ишанов, образована от тюркского имени Ишан. С этим именем, а значит и с основой фамилии, связано несколько версий происхождения, и ни одна из них не выглядит натянутой. Татарский богослов и историк Шигабутдин Марджани выводил имя от тюркского слова «ышан» — «верь», то есть имя могло быть пожелательным, оберегающим. Другой исследователь, А. Гафуров, указывал на персидское слово «ишан» — «они», форма множественного числа, которая в тюркских языках могла использоваться как почтительное обращение к старшему или знатному человеку, вроде «они» вместо «он» при упоминании уважаемого лица.

Однако самая конкретная версия связана с исламской традицией: у мусульманских народов, особенно в Средней Азии и Поволжье, «ишан» — это суфийский наставник, крупный религиозный авторитет, знаток богословия, духовный учитель. Именование Ишан могли дать не при крещении (его и не было), а как прозвище или почетное прозвание человеку за благочестие, ученость или прямое родство с таким наставником.

Модель фамилии простая: основа Ишан + русский патронимический суффикс -ов, который присоединяли к тюркским именам при переходе на русскую фамильную систему. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Ишана». Суффикс -а в женской форме — стандартное грамматическое окончание, не несущее дополнительного смысла.

Географически фамилия Ишанова чаще всего встречается среди татар, башкир, а также у народов, испытавших влияние исламской культуры Поволжья и Урала. В отличие от фамилий на -ин, которые могли образовываться от основ на -а/-я, форма Ишанов (с суффиксом -ов) говорит о том, что исходное имя воспринималось как твердая основа, без окончания. Это типично для адаптации тюркских имен в русской среде.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Ишановы вряд ли принадлежали к крестьянскому сословию: прозвище Ишан давали людям заметным в религиозной или общественной жизни. Поэтому предки могли быть муллами, учителями при медресе, либо происходить из семей, где духовный сан передавался по наследству.