Фамилия Ишанова образована от мужского тюркского имени Ишан. Касательно значения этого имени, существует несколько гипотез. По мнению Ш. Марджани, это имя происходит от тюркского слова «ышан» - «верь». Другой исследователь - А. Гафуров считает, что слово «ишан» ведет свое начало от соответствующего слова персидского языка, означающего «они». В исламской же религии ишан - суфийский наставник у мусульманских народов, почетное наименование крупных религиозных деятелей, знатоков религиозных дисциплин, наставников и учителей, людей, известных своим благочестием. В данном случае именование Ишан может указывать на социальный статус его носителя.