Фамилия Ишанькина — женская форма, мужская — Ишанькин. В основе фамилии лежит тюркское слово «ишан», которое в дореволюционной России имело два значения. Первое, самое распространённое, — религиозный титул у мусульман Средней Азии, Казахстана и Поволжья: ишаном называли главу суфийской общины, наставника, иногда — просто уважаемого старца, обладавшего, по народным поверьям, даром чудотворения. Второе, более редкое, — прозвище «Ишан» могли дать человеку набожному, степенному или, напротив, тому, кто любил прикидываться святошей.

Суффикс «-ькин» указывает на модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или «-а»/«-я». В данном случае основа «Ишаньк-» — это, скорее всего, уменьшительная форма от «Ишан». В русских говорах и в среде крещёных татар и башкир такие «усечённые» варианты с суффиксом «-ка» были обычны: Ишан — Ишанька, как Ваня — Ванька. Соответственно, фамилия Ишанькин буквально означает «сын (или потомок) Ишаньки», то есть человека, которого в быту звали уменьшительно от «ишан».

Географически фамилия тяготеет к регионам с давним татарским и башкирским населением, а также к районам, где жили крещёные татары (кряшены) — Закамье, Урал, отчасти Оренбуржье. Встречается она и у русских, но, как правило, в тех же областях, что указывает на смешанное происхождение или на то, что предок-носитель прозвища жил в тюркоязычной среде.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий вроде Ишанов или Ишаев, форма с «-ькин» — более «домашняя», патронимическая, а не сословная. Она могла закрепиться за крестьянами или посадскими людьми, в то время как «Ишанов» чаще встречается у потомков духовенства или купцов. Таким образом, Ишанькины, скорее всего, происходят от человека, которого в деревне знали как «Ишанька» — либо из-за его благочестия, либо по ироничному прозвищу.