Фамилия Ишанина — одна из тех русских фамилий, которые ведут начало от тюркского прозвища. Эта модель хорошо знакома по знаменитым фамилиям: Тургенев — от прозвища Турген («быстрый, скорый»), Аксаков — от Аксак («хромой»), Булгаков — от Булгак («беспокойный»). В том же ряду стоит и Ишанин, только его основа — слово «ишан».

Ишан — духовный титул у мусульман Средней Азии, почитаемый наставник, глава суфийской общины. В тюркских языках это слово имеет и более широкий смысл: «верующий», «святой старец». Прозвище Ишан могли дать человеку набожному, строгому в вере или просто уважаемому за мудрость, независимо от того, был ли он реальным духовным лицом. Встречается и бытовое, ироничное употребление — так могли назвать ханжу или того, кто любил поучать.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ишан добавили суффикс принадлежности -ин. Отвечая на вопрос «чей?», Ишанин означал «сын Ишана» или «человек из рода Ишана». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а, -я или мягкий согласный, и в данном случае указывает на прямое родство с носителем прозвища.

Географически фамилия Ишанина (женская форма) и Ишанин (мужская) тяготеют к регионам, где исторически сильны тюркские и мусульманские влияния: Поволжье, Урал, Оренбуржье, отчасти Сибирь. Среди носителей много русских, но встречаются и татары, башкиры, казахи, у которых фамилия могла закрепиться в русифицированной форме.

С точки зрения словообразования здесь нет редкости — типичный «-ин». Интереснее основа: в отличие от многих тюркских прозвищ, описывающих внешность или характер (Турген — «быстрый», Аксак — «хромой»), Ишан отсылает к социальному статусу и духовной роли. Это ставит фамилию в один ряд с русскими фамилиями от «поп» или «дьяк», только с восточным колоритом.

Встречается вариант написания с двумя «н» — Ишаннин, но он редок и, скорее всего, возник из-за путаницы с ударением или описки в документах. Основная и исторически верная форма — с одной «н».