Фамилия Ишанханова — яркий пример того, как в русской фамилии может сохраниться сложная восточная родословная, записанная через дефис или слитно. В основе лежит составное имя или титул Ишанхан, где первая часть «ишан» восходит к суффийскому духовному званию (наставник, глава общины в исламе), а вторая — «хан» (тюркский титул правителя). В Средней Азии и Поволжье такие сдвоенные имена давали, чтобы подчеркнуть и религиозный авторитет, и знатное происхождение человека.

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от полных мужских имен. Женское окончание -а указывает на то, что перед нами форма жены или дочери человека по имени Ишанхан (русские фамилии на -ова обычно закреплялись за женщинами, но в современном употреблении это просто вариант фамилии всей семьи). Мужской вариант — Ишанханов.

Географически фамилия редкая и тяготеет к регионам, где были сильны исламские традиции и тюркские языки: Узбекистан, Таджикистан, казахские степи, а также татарские и башкирские области России. Встречается она и у кавказских народов, но реже. Носители фамилии, скорее всего, потомки людей, занимавших видное положение в духовной или светской иерархии — ишанов или ханов, либо тех, кому дали такое прозвище за ученость или властность.

В отличие от фамилий, образованных от простых профессий (Кузнецов, Плотников), Ишанханова сразу выдает не просто ремесло, а социальный статус предка. Это не крестьянская фамилия, а скорее родовая метка образованной или правящей верхушки, которая при переходе в русскую культуру сохранила свое звучание почти без изменений.