Фамилия Ишенханов — редкий пример фамилии, образованной по тюрко-персидской модели, где к основе с восточным титулом добавили русский патронимический суффикс. Разберём её по частям.

Первая часть, «Ишен», — это тюркское имя, распространённое у многих народов (киргизов, казахов, башкир, татар). Оно восходит к персидскому слову «ишан» (или «ишен»), которое означает «святой», «духовный наставник», «глава суфийской общины». В Средней Азии и Поволжье так называли уважаемых религиозных деятелей, и имя Ишен (или Ишан) давали в честь них, как пожелание мудрости и почитания. Вторая часть, «хан», — тоже титул, но более высокий, правительский. В сложносоставном имени «Ишенхан» оно могло означать «хан, подобный ишену» или «хан-наставник» — имя-оберег или пожелание власти и святости одновременно. Такие двусоставные имена с «ханом» в конце типичны для тюркской ономастики (ср. Ахметхан, Сабирхан).

Суффикс «-ов» в конце фамилии — чисто русский патронимический формант, который в XIX–XX веках массово добавляли к нерусским фамилиям при документальном оформлении. Ишенханов буквально означает «сын Ишенхана». Таким образом, фамилия фиксирует имя отца или основателя рода, который носил составное имя Ишенхан.

Географически фамилия встречается в основном среди татар, башкир и народов Средней Азии, но с русским окончанием чаще всего у татар и башкир — именно в их среде в XIX веке активно русифицировали фамилии через суффикс «-ов». У киргизов или казахов, где фамилии часто сохраняют исконную форму, она могла бы писаться просто Ишенхан или Ишенханов, но с меньшей вероятностью. Интересно, что в некоторых диалектах слово «ишен» могло также означать «крепкий» или «надёжный» (от тюркского «ышан» — вера, доверие), что даёт вторую, более бытовую версию: прозвище Ишен мог получить человек, на которого полагались, а хан — уже добавка для звучности.

В целом, Ишенханов — фамилия, говорящая о религиозных или властных корнях предка. Носитель такого имени в прошлом почти наверняка происходил из среды, где ценились исламская учёность и авторитет: либо из духовенства, либо из местной знати, принявшей титул «хан» как часть имени.