Фамилия Ишенина хранит память о личном имени дальнего предка. В её основе лежит мужское имя Ишеня — производная форма от имени Ишен. Само имя Ишен восходит к древнетюркскому существительному «ишен» со значением «напарник, друг, брат». То есть имя могло быть пожелательным: родители называли так сына, надеясь, что он вырастет верным товарищем.

Есть и другая версия происхождения. Имя Ишеня могло быть народной формой от имени Ишан. Здесь корни расходятся. По одной версии, Ишан восходит к древнетюркскому глаголу «ышан» — «верь». По другой — к персидскому существительному «ишан», которое означает «они». В исламской среде ишан — это почётное именование суфийского наставника, крупного религиозного деятеля, знатока богословия или просто человека, известного благочестием. Так что предок носителя фамилии мог быть не просто другом, а уважаемым духовным лицом.

Фамилия образована по стандартной русской модели: от имени Ишеня с помощью притяжательного суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Ишенин», то есть сын, потомок Ишени. Со временем это отчество закрепилось как наследственная фамилия. Сейчас фамилия встречается в разных регионах, но чаще всего — среди потомков тюркских или мусульманских народов, перешедших на русский язык документооборота.