Фамилия Ишенин происходит от мужского имени Ишеня, которое, скорее всего, является уменьшительной или обиходной формой древнетюркского имени Ишен. В основе этого имени лежит тюркское слово «ишен» — «напарник», «друг», «брат». Таким образом, в самом простом варианте фамилия указывает на предка, которого окружающие ценили как верного товарища или называли так в знак близких отношений.

Есть и другая, более глубокая версия, связанная с религиозным контекстом. Имя Ишеня могло быть производным от почетного титула «ишан». В исламской среде, особенно у народов Средней Азии, ишан — это не просто имя, а высокое звание суфийского наставника, духовного учителя или признанного знатока богословия. В этом случае корень ведет либо к древнетюркскому глаголу «ышан» (верь), либо к персидскому местоимению «они» (как почтительное обращение, избегающее прямого называния). Понятно, что предок-носитель такого прозвания мог быть не рядовым верующим, а человеком, связанным с религиозной элитой или пользовавшимся особым уважением за благочестие.

Сама фамилия образована по типичной русской модели: к основе Ишен- добавился патронимический суффикс -ин, отвечающий на вопрос «чей?». То есть Ишенин буквально означает «сын Ишени» или «человек из рода Ишени». Такая модель широко распространена в центре России и Поволжье, куда тюркские имена проникали через татарские и башкирские роды, а также через контакты с восточными купцами и переселенцами.

Фамилия эта редкая, и её точная география бытования требует отдельного поиска. Встречается она преимущественно в регионах с исторически смешанным славяно-тюркским населением — например, в Западной Сибири, на Урале или в Среднем Поволжье. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии Ишенины могли записываться как крестьяне или мещане, но из-за редкости фамилии составить обобщенный портрет сословия сложно.

Фамилия Ишенин стоит в ряду таких же «восточных» русских фамилий, как Ишеев, Ишаев или Ишмаметов. Их объединяет тюркская основа и русский суффикс, что говорит о давнем и естественном вплетении тюркских имен в русскую антропонимическую систему.