Фамилия Ишенин образована от мужского имени Ишеня, которое представляет собой производную форму имени Ишен. Оно восходит к древнетюркскому существительному «ишен» со значением «напарник, друг, брат». Не исключено, что имя Ишеня является производной формой имени Ишан. По одной из версий, оно восходит к древнетюркскому глаголу «ышан», обозначающему «верь». По другой теории, имя Ишан образовано от аналогичного существительного персидского языка, означающего «они». В исламской религии ишаном называют суфийского наставника. У мусульманских народов существительное «ишан» относится к почетным именованиям крупных религиозных деятелей, знатоков религиозных дисциплин, наставников и учителей, а также людей, известных своим религиозным благочестием. Таким образом, потомок человека, которого звали Ишеня, со временем получил фамилию Ишенин.