Фамилия Ишенькин образована от имени или прозвища Ишенька, а оно, в свою очередь, — от распространённого в прошлом тюркского имени Иш. Основа «иш» в тюркских языках означает «товарищ», «друг», «спутник», «пара». В русской среде такое имя давали ребёнку, родившемуся в паре с кем-то (например, вслед за старшим братом), или желая, чтобы он вырос верным товарищем. Уменьшительно-ласкательная форма Ишенька — типично русская обработка иноязычного корня: суффикс -еньк- придаёт имени оттенок ласки и принадлежности к простонародной среде.

Модель образования фамилии — стандартная для русских патронимических фамилий: от личного имени Ишенька через притяжательное прилагательное «Ишенькин сын» (чей? — Ишенькин). Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду конкретного человека. Такая схема была особенно характерна для крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках, когда фамилии ещё не закрепились окончательно и передавались по отцу.

Географически фамилия Ишенькин тяготеет к регионам, где исторически происходило плотное русско-тюркское взаимодействие: Поволжье, Урал, южные уезды России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном распространении — вероятно, родоначальник был выходцем из одной деревни или слободы, где имя Иш было в ходу. В документах XIX века носители фамилии фиксируются преимущественно как государственные крестьяне, реже — как мещане.

В ономастике иногда путают Ишенькина с фамилией Ишин, но разница принципиальна: Ишин — от той же основы «Иш», но без уменьшительного суффикса, а Ишенькин — именно от ласкательной формы, что подчёркивает бытовой, неофициальный характер исходного имени. Версия о связи с рыбой «ишень» (диалектное название ерша) маловероятна: такая основа не дала бы типичного патронимического суффикса -ин, да и прозвище Рыбкин или Ершов было бы логичнее.