Фамилия Ишенькина — женская форма фамилии Ишенькин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. На первый взгляд, основа «Ишеньк-» выглядит как уменьшительная форма от какого-то личного имени, и это самый вероятный путь. В русском языке суффикс -еньк- (как в Петенька, Васенька) образует ласкательные варианты имён. Скорее всего, в основе лежит имя или прозвище Иша — краткая форма от крестильных имён, начинающихся на «Иш-»: например, Исай (библейский пророк) или Исидор (в народной форме Ишдор). В быту Иша могло звучать как Ишенька — ласковое обращение к сыну или младшему родственнику. От этого имени-прозвища и пошла фамилия: «чей?» — Ишенькин, то есть «сын Ишеньки».

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В языках Поволжья и Средней Азии «иш» означает «работа, дело». В этом случае Ишенька могло быть прозвищем работящего человека, а уменьшительный суффикс -еньк- придавал ему оттенок «маленький работник» или «сын работника». Однако эта гипотеза слабее: тюркские основы редко получают русский уменьшительный суффикс -еньк- в фамилиях, чаще используются -ов/-ев или -ин напрямую. Поэтому версия с русским каноническим именем выглядит предпочтительнее.

Фамилия Ишенькина — патронимическая, то есть образована от имени отца. Она принадлежит к распространённому типу на -ин, который в центральных и северных губерниях России давали по женскому роду основы (Ишенька — Ишенькин). Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в Тамбовской, Рязанской и Нижегородской областях, что косвенно указывает на регионы, где имя Иша или его производные бытовали в крестьянской среде. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — знать и духовенство предпочитали фамилии на -ский или более «благородные» окончания.

Особенность фамилии — сохранение мягкого знака в основе (Ишенькин, а не Ишенкин). Это указывает на то, что в говорах имя произносили с мягким «н»: Ишенька, а не Ишенка. Такая деталь помогает отличить фамилию от возможных однокоренных вариантов (например, Ишенков — с твёрдым суффиксом) и говорит о южнорусском или среднерусском акающем говоре, где мягкость согласных перед суффиксом сохранялась дольше.