Фамилия Ишунькин образована по очень редкой для русских фамилий модели с суффиксом -кин, но не от имени на -а/-я, как большинство (Иван — Ивашкин, Кузьма — Кузьмин), а от имени или прозвища на согласный. Обычно суффикс -ин присоединяется к основам, оканчивающимся на -а/-я, а -ов/-ев — к основам на твёрдый или мягкий согласный. Здесь же мы видим -кин, что указывает на усечённую форму исходного слова: Ишунька.

В основе лежит, скорее всего, разговорный вариант крестильного имени Иосиф. В народной речи это имя давало множество производных: Осип, Исай, а также уменьшительные Ишуня, Ишутка, Ишунька. Ишунькин — буквально «сын Ишуньки», то есть потомок человека, которого в быту звали Ишунька. Мужской суффикс -к(а) в таких прозвищах не указывал на пол ребёнка, а выражал ласку или принадлежность к низшему сословию — так могли называть крестьянского сына или холопа.

Версия о происхождении от тюркского корня (ср. татарское «иш» — «товарищ, пара» или «ишан» — духовный сан) маловероятна. Фамилия звучит по-русски, имеет прозрачную славянскую словообразовательную цепочку, а суффикс -кин в русских фамилиях почти всегда указывает на исконно русскую основу, а не на заимствование. Кроме того, фамилия Ишунькин встречается в основном в центральных и северных областях России, где тюркское влияние на антропонимию было слабым.

Социально носители фамилии, судя по модели, относились к крестьянству или посадским людям. Дворянские фамилии редко образовывались от таких просторечных уменьшительных форм с суффиксом -к(а). В документах XVII–XVIII веков можно было бы встретить запись вроде «Ивашко Ишунькин сын», где Ишунька — личное прозвище отца, а -кин — уже фамильный суффикс, закреплённый за потомками.