Фамилия Ишунькина образована от уменьшительно-ласкательной формы Ишунька, которая в свою очередь восходит к одному из самых распространённых на Руси имён — Иван. В народной среде имя Иван дало десятки производных форм: Ваня, Ванюша, Иваш, Ивашка, и в их числе — Ишунька. Именно эта форма, с суффиксом -уньк-, передающим ласковое или уменьшительное значение, и закрепилась в основе фамилии.

Само же имя Иван восходит к каноническому церковному имени Иоанн, которое пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья». Таким образом, в основе фамилии лежит не просто имя, а его народный, обиходный вариант, характерный для разговорной речи определённой местности.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: к основе Ишуньк- присоединён суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Ишунькин). Фамилия в форме Ишунькина — это женский вариант, а мужской, соответственно, Ишунькин. Такая модель была особенно распространена в центральных и северных губерниях России, где фамилии часто образовывались от имён и прозвищ с помощью суффиксов -ин и -ов.

Интересно, что фамилия Ишунькина встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Вероятно, предки носителя этой фамилии жили в относительно замкнутой общине, где уменьшительное имя Ишунька было в ходу и закрепилось как родовое прозвище. Со временем потомки человека, которого в быту звали Ишунькой, стали носить фамилию Ишунькины, и она передавалась из поколения в поколение, сохранив в себе отзвук старинного, почти забытого сейчас имени.