Фамилия Ишунин — это типичная русская «патронимическая» фамилия, то есть образованная от личного имени. В её основе лежит имя Ишуня — уменьшительно-ласкательная форма канонического имени Иоанн. В переводе с древнееврейского Иоанн означает «Божия благодать» или «Божья милость». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ишунин буквально означает «сын Ишуни» или «потомок Ишуни».

Интересно, что имя Ишуня могло быть не только домашней формой для Иоанна, но и производной от других крестильных имён, начинающихся на «Иш-» (например, Ишан, хотя это имя встречается реже). Однако основная версия, связывающая фамилию с Иоанном, — самая распространённая и надёжная.

География фамилии, судя по сохранившимся записям, охватывает северные и восточные регионы России. В Книге памяти Республики Коми упоминаются Владимир Тимофеевич Ишунин (1939 г.р., посёлок Ниашор Сысольского района) и Тимофей Федорович Ишунин (1915 г.р., Чкаловская область). В Книге памяти Республики Башкортостан есть запись о Михаиле Прокопьевиче Ишунине (1912 г.р., Челябинская область). Эти данные показывают, что носители фамилии жили в разных уголках страны, но особенно заметна их связь с Уралом и северными территориями.

Сама модель образования (основа на -уня/-юня + суффикс -ин) характерна для русских фамилий, возникших из просторечных, «домашних» имён. Такие фамилии часто встречались в крестьянской и мещанской среде, где полное церковное имя использовали реже, предпочитая его сокращённые варианты. Поэтому предки Ишуниных, скорее всего, были простыми людьми — крестьянами или ремесленниками, а их фамилия закрепилась в обиходе уже к XVII–XVIII векам, когда на Руси завершался процесс формирования наследственных фамилий.