Фамилия Ишунова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Ишунов. Её происхождение связано с разговорной формой крестильного имени. В русской ономастике суффикс -ов указывает на принадлежность: Ишунов буквально значит «сын Ишуна» или «человек из рода Ишуна». Само имя Ишун — это производное от канонического имени Иван (Иоанн) или, реже, от Исай. В народной речи имя Иван дало множество уменьшительных вариантов: Иш, Иша, Ишуня, Ишун. Таким образом, Ишун — это ласкательное или обиходное имя, которое закрепилось в качестве прозвища главы семьи, а затем и фамилии.

Словообразовательная модель здесь стандартная для русских фамилий: основа (Ишун) плюс патронимический суффикс -ов. Интересно, что в некоторых говорах «ишун» могло быть и самостоятельным прозвищем, не связанным с Иваном. В диалектах русского языка встречается слово «ишак» в значении «осёл», но маловероятно, что именно оно стало основой: для прозвищ чаще брали форму «Ишак», а не «Ишун». Более правдоподобна версия с усечением и добавлением суффикса -ун, который в русском языке придаёт имени оттенок ласкательности или, наоборот, ироничности (ср. говорун, шатун). Поэтому предки носителей фамилии Ишуновы, скорее всего, были людьми, которых в быту звали Ишунами — либо по имени, либо по какой-то характерной черте, которую в шутку сравнили с осликом.

Географически фамилия Ишунов и Ишунова не относится к числу широко распространённых. Она встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким именем-прозвищем, что говорит о недворянском происхождении фамилии. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, образовавшаяся в среде, где имя Иван было самым популярным, а его производные — естественной частью повседневного общения.

Отдельного упоминания заслуживает написание с одной «н»: Ишунов, а не Ишуннов. Встречающийся иногда вариант с двойной «н» — результат орфографической ошибки или влияния фамилий на -ин (типа Ишунин). Правильная этимология указывает на суффикс -ов, поэтому форма Ишунова — единственно верная для женского рода.