Фамилия Ишунина — женская форма, а мужская — Ишунин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на -а или -я с помощью суффикса -ин. Такие фамилии исторически означали «чей?» — сын или дочь, жена человека, названного в основе. В данном случае основа — Ишуня.

Ишуня — это уменьшительно-ласкательная форма нескольких крестильных имён, и здесь возможны два основных варианта. Первый, самый вероятный: от имени Иван. В русских говорах Ивана могли называть Иша, Ишуня, Ишутка. Второй вариант — от имени Иосиф (в просторечии Осип), которое тоже давало производные Иша, Ишуня. Оба имени были чрезвычайно распространены в среде крестьян и посадских людей, поэтому фамилия Ишунин нередкая. Встречается она в центральных регионах России, на Волге и в Приуралье.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ишунин — сын Ишуни. Такие фамилии закрепились в XV—XVII веках, когда человека называли по отцу: «Ивашка Ишунин сын» — со временем «сын» отпал, а притяжательная форма стала фамилией. Стоит заметить, что фамилии на -ин чаще встречаются в северных и восточных областях России, в то время как на западе и юге преобладают фамилии на -ов/-ев. Ишунин — типичный пример именно северо-восточной модели.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ишуня» могло быть прозвищем, связанным с глаголом «искать» — так могли назвать непоседливого, вечно что-то ищущего человека. Но это скорее народная этимология: корень «иск-» дал бы форму «Иска», а не «Ишуня». Поэтому основная версия — от канонических имён Иван или Иосиф — остаётся главной.

В целом фамилия Ишунин — один из множества «патронимических» знаков, которые носили в основном простые люди: крестьяне, ремесленники, мелкие служилые. Ничего редкого или аристократического в ней нет, но зато она честно рассказывает, что предок носителя — обычный человек, которого в быту звали ласково Ишуня.